병원 MSO, 진료비는 병원 계좌로 받아야 합니다
서울행정법원 판결로 본 세금계산서 발행 주체와 관리수수료
김용태 세무사 · 이룸세무회계 대표
작성 · 최종 확인 · 2026년 세법 기준
병원경영지원회사(MSO) 계약서를 앞에 두면 원장님이 정할 것은 MSO에 맡길 업무의 범위와 그 대가로 낼 수수료입니다. 구매, 직원 관리, 홍보, 회계에 더해 진료비 수납과 결제대행까지 MSO에 넘기면 진료만 보시면 된다는 제안을 받기도 합니다. MSO의 세금 문제는 바로 이 선택에서 시작됩니다. 진료비가 누구 이름으로 들어오는지, 관리수수료를 무엇을 근거로 정했는지가 세금을 정합니다.
병원 살림을 돕는 일만 맡는다면 MSO를 두는 데 법적인 문제는 없습니다. 세금 문제는 MSO가 환자에게서 진료비까지 받아 가면서 생깁니다.
서울행정법원이 2024년 8월 선고한 판결(2023구합82667)이 이 지점을 다뤘습니다. 한 의사가 MSO 두 곳과 병원관리·결제대행 계약을 맺었고, MSO가 환자에게서 진료비를 직접 받아 세금계산서와 현금영수증을 발행했습니다. MSO는 관리용역비와 결제대행 수수료를 뗀 나머지를 의사에게 넘겼습니다.
2019년 세무조사에서 세무당국은 이 구조를 문제 삼았습니다. 진료를 하지 않은 MSO가 진료비 매출을 받았으니, 두 회사는 신용카드 위장가맹점이라는 것이었습니다. 고지된 2016~2018년분 부가가치세와 종합소득세는 약 7억 2천만 원이었고, 조세심판원을 거쳐 약 5억 원으로 줄었습니다. 의사는 남은 처분에도 소송을 냈지만 법원은 받아들이지 않았습니다. 판결문은 이 의사를 '원고', MSO 두 곳을 '이 사건 각 거래처'라고 부릅니다. 재판부는 진료비와 세금계산서가 어떻게 오갔어야 하는지를 이렇게 판단했습니다.
"원고는 환자들로부터 의료용역대금을 직접 지급받고 환자들에게 이에 대한 세금계산서를 발행한 후 이를 원고의 매출로 세무 및 회계처리를 하여야 하고, 이 사건 각 거래처는 원고로부터 병원관리 및 결제대행 용역대금을 지급받은 후 원고에게 이에 대한 세금계산서를 발행하였어야 한다."
원장님이 MSO에 내는 관리수수료에도 기준이 있습니다. 필요경비로 인정받으려면 MSO가 실제로 일한 기록, 시가에 맞는 금액, 업무 범위와 산정 방식을 적은 계약서가 함께 있어야 합니다. 원장님이나 가족이 MSO 지분을 30% 이상 갖고 있거나 경영을 사실상 좌우하면, MSO는 세법상 원장님의 특수관계인이 됩니다.
특수관계인에게 시가보다 높은 수수료를 내면 소득세법 제41조의 부당행위계산 규정을 적용받을 수 있습니다. 세무서가 원장님이 낸 금액 대신 시가로 소득을 다시 계산하는 제도입니다. 같은 법 시행령은 시가와의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 5% 이상일 때만 이 규정을 적용합니다.
증여세도 따라올 수 있습니다. 원장님과 친족이 지분 30% 이상을 가진 MSO에 원장님이 '현저히 높은 대가'를 내고 용역을 받는 경우입니다. 이때 상속세 및 증여세법 제45조의5는 MSO가 얻은 이익 가운데 지분만큼을 그 지분을 가진 원장님과 가족이 증여받은 것으로 봅니다.
현저히 높다는 것은 시가와의 차액이 시가의 30% 이상이거나 3억 원 이상인 경우입니다. 다만 원장님과 가족 각자에게 돌아가는 이익이 1억 원 이상일 때만 과세합니다.
판결과 두 규정을 함께 놓고 보면, 환자에게 의료용역을 공급하는 사람은 처음부터 끝까지 원장님입니다. 진료비는 원장님 이름으로 받아 원장님 매출로 신고하고, 증빙도 원장님이 발행합니다. MSO는 원장님에게 해 준 관리용역의 대가만 청구하고, 그 대가에 대해서만 세금계산서를 발행합니다.
돈이 이 순서로 흐르면 판결에서 문제가 된 수납 구조에서 벗어납니다. 그다음 따질 질문은 주로 관리용역 대가가 적정한가로 좁혀집니다.
계약서에 '결제대행'이라고 분명히 적었으니 괜찮다고 생각하실 수 있습니다. 판결 속 의사도 같은 이름의 계약을 맺었고, 정부가 MSO 도입을 권고했다는 주장까지 했지만 받아들여지지 않았습니다. 재판부는 세금이 실제로 줄었는지도 따지지 않았습니다. 계약서의 이름이 아니라 의료용역의 대가를 누가 받았는지를 본 것입니다.
수수료는 시가를 증명할 책임이 과세관청에 있으니 안심해도 된다고 보실 수도 있습니다. 법인세 사건에서 대법원이 부당행위계산 규정을 적용하려면 시가가 얼마인지 과세관청이 증명해야 한다고 본 것은 맞습니다. 다만 MSO 관리수수료에는 공개된 시가 기준이 없습니다. 수수료가 적정했는지는 사안마다 비교 자료를 놓고 따질 수밖에 없습니다.
설령 시가를 세무서가 증명해야 하더라도 수수료를 높게 잡아도 괜찮은 것은 아닙니다. 관리수수료는 원장님 계좌에서 MSO로 나가는 돈입니다. 그 금액을 어떻게 정했는지 보여 줄 산정 근거와 MSO가 실제로 한 업무 기록을 원장님 쪽에서 남겨 두는 것이 안전합니다.
MSO 계약을 새로 맺거나 갱신할 때는 계약서 옆에 돈의 흐름을 한 장으로 적어 두기를 권합니다. 진료비가 어느 계좌로 들어오는지, 카드 결제와 현금영수증이 누구 이름으로 처리되는지, MSO가 원장님에게 어떤 업무를 해 주고 그 대가를 어떤 비교 자료로 정했는지를 적습니다. 진료비를 받는 병원 계좌는 MSO나 다른 사람이 아닌 원장님 명의여야 합니다.
MSO에 업무를 어디까지 맡기고 수수료를 얼마로 할지도 이 한 장을 채우면서 함께 정할 수 있습니다. 결제대행을 맡기더라도, 진료비의 주인이 원장님이라는 사실부터 이 종이에서 확인하는 것이 안전합니다.
부록 · 한 장으로 정리
쟁점별로 먼저 확인할 것
| 쟁점 | 위험해지는 구조 | 먼저 확인할 것 |
|---|---|---|
| 진료비 수납 | MSO가 진료비를 받고 증빙 발행 | 수납 계좌·카드 가맹점·현금영수증 명의가 원장님인지 |
| 관리수수료 필요경비 | 업무 기록 없이 계약서만 있음 | MSO의 실제 업무 기록 |
| 부당행위계산(소득세법 제41조) | 특수관계 MSO에 시가보다 높은 수수료 | 지분 30% 이상 또는 경영 지배 여부 |
| 증여세(상속세 및 증여세법 제45조의5) | 지분 30% 이상 MSO에 현저히 높은 대가 | 주주 각자의 이익이 1억 원 이상인지 |
| 사무장병원(의료법 제33조) | MSO가 인력·자금·운영성과를 주도 | 운영 결정권이 원장님에게 있는지 |
| 가족 명의 주주 | 이름만 올리고 업무 참여 없음 | 가족 주주가 실제로 맡은 일 |
부당행위계산은 시가와의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 5% 이상일 때 적용합니다. 증여의제(MSO가 얻은 이익을 원장님과 가족이 증여받은 것으로 보는 규정)에서 '현저히 높은 대가'는 차액이 시가의 30% 이상이거나 3억 원 이상일 때입니다. 비율 기준은 증여의제 쪽이 더 높아서, 부당행위계산이 적용되는 수수료라도 증여세는 나오지 않을 수 있습니다.
MSO 계약 점검 체크리스트
- 계약 전진료비 수납 계좌, 카드 가맹점, 현금영수증 발행 명의가 모두 원장님인지 확인
- 계약 전MSO가 발행하는 세금계산서가 관리용역 대가에만 해당하는지 확인
- 수수료를 정할 때비교할 수 있는 업체 자료, 원가 계산 등 산정 근거를 문서로 보관
- 지분을 나눌 때원장님과 가족 지분 합계가 30% 이상인지, 가족 주주의 실제 업무가 있는지 확인
- 운영 중 매달MSO가 실제로 한 업무 기록(투입 인력, 처리 내역)을 보관
이 글은 2026년 10월 기준 세법을 바탕으로 한 일반적인 안내입니다. 계약 구조와 지분 구성에 따라 적용되는 규정이 달라질 수 있으므로, 구체적인 사안은 상담을 통해 확인해 주세요.
자주 묻는 질문
MSO 계약 전에 진료비 흐름과 수수료 근거를 점검해 드립니다
수납 구조와 지분 구성, 수수료 산정 자료를 바탕으로 세무상 문제가 될 부분을 확인해 드립니다.