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병의원 세무 칼럼

월급제 페이닥터,
3.3%가 아닐 수 있습니다

김용태 세무사 김용태 세무사 · 이룸세무회계 대표 작성 · 최종 확인 · 2026년 세법 기준

봉직의 선생님(페이닥터)과 계약할 때 프리랜서(3.3%)로 할지 일반 근로자로 할지 고민하시는 원장님이 많습니다. 여러 병원을 다녀 본 선생님은 3.3%가 익숙해 먼저 그렇게 요청하기도 하고, 원장 입장에서도 4대보험 신고 절차를 피할 수 있어 양쪽이 자연스럽게 합의하게 됩니다. 문제는 그 합의가 세법 기준과 다를 수 있다는 점입니다.

애초에 이것은 양측이 선택할 수 있는 문제가 아닙니다. 봉직의 선생님이 이 병원에서 실제로 어떻게 일하는지에 따라 나뉩니다.


소득세법은 의사가 병원에 제공하는 용역을 근로소득(제20조)과 사업소득(제19조 제15호) 중 하나로 분류합니다. 이 둘을 가르는 기준은 계약서의 이름이 아닙니다. 보수가 매월 고정된 금액인지, 근무시간과 장소를 병원이 지정하는지, 한 병원에만 전속되어 있는지 아니면 여러 거래처를 독립적으로 두고 있는지가 판단의 기준입니다. 근로소득과 사업소득을 가르는 핵심은 고용 종속 관계입니다.

대법원은 2023년 판결에서 위탁진료계약을 맺은 봉직의를 근로기준법상 근로자로 보았습니다. 이 봉직의는 근무시간과 장소가 정해져 있었고, 환자 실적과 관계없이 고정급을 받았으며, 매월 진료 현황을 보고했습니다. 진료 하나하나에 대해 구체적인 지시를 받지 않았다는 점도 근로자가 아니라는 근거가 되지 못했습니다. 아래 판결문의 '공소외 1'은 이 봉직의, '피고인'은 의원 운영자입니다.

봉직의의 근로자성을 인정한 판결 · 대법원 2023. 9. 21. 선고 2021도11675

"공소외 1이 비록 진료업무 수행 과정에서 피고인으로부터 구체적, 개별적인 지휘·감독을 받지는 않은 것으로 보이나 이는 의사의 진료업무 특성에 따른 것이어서 공소외 1의 근로자성을 판단할 결정적인 기준이 될 수는 없다."


계약서 제목을 '위탁계약'으로 달거나 개인사업자라는 확인서를 받아 두어도, 그것만으로는 세무·노무 문제를 막을 수 없습니다. 계약서 문구로 실질을 뒤집으려는 시도는 법원에서 통하지 않았습니다. 봉직의 선생님이 사업소득 방식을 선호했다거나 스스로 동의했다는 사정만으로 근로소득을 사업소득으로 처리할 수는 없습니다. 근로자를 프리랜서로 처리한 사실은 주로 이런 경우에 드러납니다. 퇴직 후 봉직의 선생님이 민원을 제기하거나, 산재 사고 처리 과정에서 가입 기록이 없어 문제가 생기거나, 국세청의 원천징수 자료와 4대보험 공단의 가입 자료를 대조할 때 불일치가 확인되는 경우입니다.

여러 병원을 다니는 선생님이면 프리랜서가 맞지 않느냐고 물으시는 원장님도 계십니다. 그런 선생님이 진료한 건수만큼 보수를 받고, 언제 어디서 어떻게 진료할지도 스스로 정한다면 사업소득으로 볼 가능성이 높습니다. 하지만 여러 곳을 다니더라도 병원마다 원장의 지시를 받고 병원이 정한 시간과 장소에서 진료한다면 근로자로 볼 수 있습니다. 법원은 다니는 병원 수 하나로 정하지 않고, 보수를 받는 방식과 일하는 방식을 함께 놓고 판단합니다.

이 사실이 적발되면 병원은 세무와 4대보험 양쪽에서 추징을 받게 됩니다. 세무 쪽에서는 근로소득 원천징수세액이 재산정되고 원천징수 불이행 가산세와 지급명세서 불성실 가산세가 함께 붙습니다. 4대보험 쪽은 규모가 더 클 수 있습니다. 4대보험 미가입이 적발되면 건강보험과 국민연금은 최대 3년 소급 청구 대상이 됩니다. 사업주 부담 보험료가 급여의 약 10%임을 감안하면 연체 이자까지 더해진 추징액은 한꺼번에 꽤 큰 금액이 됩니다. 퇴직금 미지급과 연차수당 미정산도 함께 추징되며 채용 시 근로계약서를 작성·교부하지 않았다면 근로기준법 위반으로 500만원 이하 벌금 대상이 됩니다.


봉직의 선생님과 프리랜서로 계약하기 전에 먼저 확인해야 할 것이 있습니다. 해당 봉직의 선생님이 이 병원에만 매일 출근하고 월 고정급을 받는 사람인지, 아니면 여러 병원을 돌며 진료 건수에 따라 보수를 받는 사람인지입니다.

채용 계약서에 서명하기 전에 근무 형태를 메모해두고 그 기록에 맞춰 4대보험 취득신고 여부를 결정하는 것이 소급 추징을 막는 현실적인 방법입니다. 건강보험은 4대보험 가운데 신고 기한이 가장 짧습니다. 채용일로부터 14일 안에 취득신고를 마쳐야 합니다. 계약서 명칭을 바꾸는 것보다, 근무 실태를 먼저 들여다보는 것에서 시작합니다.

부록 · 한 장으로 정리

소득 구분 판단 기준

점검 항목근로소득 가능성 ↑사업소득 가능성 ↑
근무 형태한 병원 전속, 매일 출근여러 병원 순회
보수 방식월 고정급건당 진료비 지급
근무시간·장소병원이 지정본인이 결정
실적 보고병원에 월별 보고독립 운영

4대보험 취득신고 기한

  • 건강보험: 채용일 기준 14일 이내 취득신고 (4대보험 중 가장 촉박한 기한)
  • 국민연금 및 고용보험·산재보험: 채용 당월 익월 15일 기한
  • 4대사회보험 통합 포털(4insure.or.kr)에서 성립신고·취득신고를 한 번에 할 수 있음

추가 점검 항목

  • 급여대장에 세전 총액(그로스 금액) 기재 여부: 실수령액(네트)만 기재하면 세무조사 지적 대상
  • 근로계약서 작성 및 근로자 교부 여부: 미교부 시 500만원 이하 벌금(형사처벌)
  • 4대보험 취득신고 기한을 채용 캘린더에 별도 등록 (특히 건강보험 14일 기한)

이 글은 2026년 10월 기준 세법을 바탕으로 한 일반적인 안내입니다. 개별 사안은 근무 형태와 계약 내용에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 사안은 세무 전문가와 상담을 통해 확인해 주세요.

자주 묻는 질문

페이닥터도 일용직으로 신고할 수 있나요?
단순히 계약기간을 짧게 정했다고 해서 일용근로자가 되는 것은 아닙니다. 세법상 일용근로자는 일급 또는 시급으로 급여를 받으면서 동일한 고용주에게 3개월(건설공사 종사자는 1년) 미만 고용된 사람을 말합니다.

페이닥터가 월 고정급을 받으면서 정해진 시간에 반복적으로 진료하는 형태라면 계약기간을 짧게 설정했다는 이유만으로 일용근로소득으로 처리하기는 어렵습니다. 반복·계속적인 근무관계라면 실제 근무 형태에 따라 상용근로자로 판단될 가능성을 먼저 검토해야 합니다.
여러 병원에서 동시에 근무하면 소득세는 어떻게 신고하나요?
두 병원에서 발생한 소득을 합산해 연말정산하거나 다음 해 5월에 종합소득세로 신고해야 합니다. 한 병원은 세전(그로스) 계약, 다른 병원은 세후(네트) 계약인 경우 소득 합산으로 누진세율이 높아져 추가 납부세액이 발생할 수 있고 이 부담은 네트 계약을 맺은 병원 쪽에 집중되는 경향이 있습니다. 이런 상황을 예방하려면 계약 시 세금 처리 방식을 서면으로 명확히 합의해두는 것이 좋습니다.
계약서에 '위탁진료계약'이라고 적으면 사업소득으로 처리해도 되나요?
계약서 명칭만으로는 소득 종류를 바꿀 수 없습니다. 법원은 계약서 제목이 아니라 실제 근무 형태, 즉 고정급 여부, 근무시간·장소 구속, 전속 여부를 기준으로 근로자성을 판단합니다.

대법원은 2023년 판결(2021도11675)에서 위탁진료계약 명칭 아래 실질적으로 근로자 지위에 있던 봉직의를 근로기준법상 근로자로 인정했습니다. 계약서를 '위탁계약'으로 작성해 두었다고 해서 4대보험 미가입이나 퇴직금 미지급의 법적 리스크가 사라지지는 않습니다.
김용태 세무사
김용태 세무사
이룸세무회계 대표. 병의원 세무를 대표 전문 분야로, 개원 준비부터 기장·절세·세무조사 대응까지 직접 챙깁니다.
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이룸세무회계 · 김용태 세무사 · 서울 강남구 도곡로 129, 401호 · 02-3462-3474 · eroomtax.kr/column/clinic-paydoctor-contract.html
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