병의원 권리금, 지급할 때 8.8%를 원천징수합니다
양도인·양수인의 권리금 신고와 폐업 마감 일정

병의원을 인수하면서 권리금을 줄 때 계약한 금액을 그대로 보내면 안 됩니다. 지급하는 원장님이 8.8%를 먼저 떼어 세금으로 내야 하기 때문입니다. 이 글에는 병의원을 넘기는 원장님과 인수하는 원장님이 권리금을 각자 어떻게 신고하는지, 넘긴 원장님이 폐업한 뒤 언제까지 무엇을 신고해야 하는지를 한 장에 담았습니다.

권리금은 기타소득, 원천징수되는 세금은 8.8%입니다

병의원 양수도 대금은 의료기기·인테리어·집기·의약품 같은 유형자산 값과 눈에 보이지 않는 권리금으로 나뉩니다. 세법은 이 권리금을 영업권을 넘기고 받는 대가로 보아 기타소득으로 과세합니다.

권리금은 받은 금액의 60%를 필요경비로 인정받습니다. 실제로 든 경비가 60%보다 많으면 넘는 금액도 경비에 넣을 수 있습니다. 남은 40%가 기타소득금액이고 여기에 소득세 20%와 지방소득세 2%를 합친 22%를 곱한 금액이 원천징수세액입니다. 40%에 22%를 곱하면 권리금 총액의 8.8%입니다.

권리금이 1억 원일 때 금액은 아래와 같습니다.

원천징수로 세금 계산이 끝나지는 않습니다. 기타소득금액이 300만 원을 넘으면 다음 해 종합소득세 신고에 합산해야 하는데, 권리금 1억 원의 기타소득금액은 4,000만 원입니다. 그래서 권리금 한 건을 두고 양수인이 원천징수로 한 번, 양도인이 종합소득세로 한 번 신고합니다.

병의원 건물이나 토지를 함께 넘기면서 받는 영업권 대가는 기타소득이 아니라 양도소득으로 과세합니다. 임차한 자리에서 운영하던 병의원은 부동산을 넘기지 않으므로 권리금을 기타소득으로 처리합니다.

양수인은 8.8%를 떼어 다음 달 10일까지 신고·납부합니다

권리금을 주는 원장님에게는 원천징수 의무가 있습니다. 권리금이 1억 원이면 880만 원을 떼고 9,120만 원만 양도인에게 보냅니다. 이렇게 뗀 세금은 양수인이 원천세로 신고하고 내야 하며 기한은 지급한 달의 다음 달 10일입니다.

세금을 낸 뒤에도 제출할 서류가 하나 더 있습니다. 권리금을 누구에게 얼마나 지급했는지 적은 지급명세서를 다음 해 2월 말까지 관할 세무서에 제출해야 합니다.

지급한 권리금은 그해에 한꺼번에 경비가 되지 않습니다. 영업권이라는 무형자산으로 장부에 올리고 일반적으로 5년 동안 매년 같은 금액을 감가상각(정액법)해 비용으로 반영합니다.

계약하기 전에 양도인 쪽 사정도 확인해 두셔야 합니다. 사업을 통째로 넘겨받는 포괄양수도라면 양도인의 납세증명서를 받아 밀린 세금이 있는지 봅니다. 직원 인건비와 퇴직금 가운데 아직 주지 않은 금액, 의료기기·의약품 미지급금, 환자에게 미리 받은 진료비(선수진료비)는 누가 부담할지 계약 전에 정해 둡니다.

• 계약 전양도인의 납세증명서로 체납 여부 확인
• 계약 전직원 인건비·퇴직금 미지급분, 의료기기·의약품 미지급금, 선수진료비 정산
• 계약서 작성 때권리금·의료기기·인테리어·집기·의약품 금액을 항목별로 기재
• 권리금 지급일지급액의 8.8%를 떼고 나머지를 계좌이체로 지급
• 권리금을 준 다음 달 10일까지떼어 둔 세금을 원천세로 신고하고 납부
• 다음 해 2월 말까지권리금 지급명세서 제출

양도인은 다음 해 5월 종합소득세 신고 때 권리금을 합산합니다

권리금을 받는 원장님은 8.8%가 빠진 금액을 받습니다. 그리고 기타소득금액(권리금에서 필요경비를 뺀 금액)이 300만 원을 넘으면, 권리금을 받은 해의 다음 해 5월(성실신고확인 대상이면 6월 말) 종합소득세 신고 때 이 금액을 병의원 사업소득 같은 다른 소득과 합산해 신고합니다. 양수인이 먼저 뗀 세금은 이 신고에서 정산합니다.

원장님이 바뀌면 종전 원장님은 사업자등록을 폐업하고 새 원장님이 새로 등록하는 것이 일반적입니다. 그래서 양도인은 권리금 신고와 폐업 뒤 신고를 같은 시기에 챙겨야 합니다.

폐업은 사업자등록이 끝나는 것일 뿐이고 권리금 신고 의무는 폐업과 상관없이 남습니다. 병의원 문을 닫았으니 세금 신고도 끝났다고 착각하기 쉬운 부분입니다. 권리금을 받은 해에 폐업했더라도 다음 해 5월 신고에서 권리금을 빠뜨리지 않아야 합니다.

자산을 하나씩 넘기는 개별 양수도라면 양수인에게 계산서나 세금계산서를 발급하는 것도 양도인의 일입니다.

폐업을 앞두고는 받지 못한 돈과 주지 않은 돈을 정리해 두셔야 합니다. 미수금과 미지급금을 정리하지 않은 채 폐업하면 나중에 세무조사를 받을 때 설명해야 할 것이 늘어납니다.

양수도 계약서에는 권리금과 자산 금액을 항목별로 나눠 적습니다

포괄양수도는 사업에 관한 권리와 의무를 통째로 넘겨받는 방식입니다. 이 방식으로 넘기면 부가가치세가 붙지 않습니다. 부가가치세법은 사업을 통째로 넘기는 것을 물건을 파는 거래(재화의 공급)로 치지 않습니다. 그래서 세금계산서를 발급해야 할 의무도 생기지 않습니다.

자산을 하나씩 넘기는 개별 양수도에서는 양도인이 증빙을 발급하는 것이 원칙입니다. 일반 진료만 하는 면세 의원은 계산서를, 과세사업자는 세금계산서를 발급합니다. 의료기기와 인테리어 값에 계산서를 받아 두면 양수인은 세법이 인정하는 증빙(적격증빙)을 갖춥니다.

실제로는 계산서를 주고받지 않고 계약서 한 장으로 양수도를 마무리하는 병의원도 많습니다. 이때 양수인이 넘겨받은 자산을 설명할 자료는 계약서와 이체 내역뿐입니다. 그러니 계약서에 권리금, 의료기기, 인테리어 금액을 항목별로 나눠 적고 대금은 계좌이체로 보내 기록을 남겨야 합니다.

금액을 나눌 때 의료기기와 인테리어는 장부가액을 기준으로 잡는 것이 일반적입니다. 자산 값을 시가보다 지나치게 높게 적어 권리금을 줄이면, 과세관청이 실제로는 권리금이라고 보아 양도인에게 기타소득세를 추징할 수 있습니다. 가족이나 친인척 사이의 양수도에서 금액이 시가와 크게 다르면 증여로 보거나 부당행위계산부인(특수관계인 사이의 거래를 시가 기준으로 다시 계산하는 규정)을 적용할 수 있습니다.

폐업한 병의원은 다음 해 2월 사업장현황신고, 5월 종합소득세를 신고합니다

폐업신고는 사업을 그만두면 지체 없이 합니다. 홈택스에서 신고하거나 관할 세무서에 휴업(폐업)신고서와 사업자등록증을 냅니다. 과세 진료를 함께 하던 병의원은 부가가치세 확정신고서에 폐업한 날짜와 사유를 적고 사업자등록증을 첨부해 내면 폐업신고서를 따로 내지 않아도 됩니다.

폐업신고를 미루면 세무서와 지자체는 사업을 계속하는 것으로 봅니다. 그러면 신고 의무가 이어지고 등록면허세 같은 세금이 계속 나올 수 있습니다. 폐업일은 실제로 사업을 그만둔 날이고 그날이 분명하지 않으면 신고서를 접수한 날로 봅니다. 아래 표에서 '폐업한 달'은 이 폐업일이 속한 달을 말합니다.

일반 진료만 하던 면세 의원은 부가가치세 신고 대상이 아닙니다. 대신 사업장현황신고를 합니다. 기한은 폐업한 해의 다음 해 2월 10일입니다. 신고하지 않았거나 적게 신고한 수입금액의 0.5%가 가산세로 붙습니다.

미용·성형처럼 부가가치세가 붙는 진료가 있었다면 그 매출은 부가가치세 확정신고를 해야 합니다. 폐업한 달의 말일부터 25일 안에 신고를 마쳐야 합니다. 예를 들어 폐업일이 3월 15일이면 신고 기한은 4월 25일이 됩니다.

표의 지급명세서는 폐업하는 원장님이 직원에게 준 급여에 관한 것입니다. 앞에서 본 권리금 지급명세서는 권리금을 준 양수인이 다음 해 2월 말까지 제출하는 서류라서 제출하는 사람과 기한이 모두 다릅니다.

직원을 두었던 병의원에는 4대보험 정리도 남아 있습니다. 사업장 탈퇴와 직원 자격상실을 폐업일부터 14일 안에 신고해야 합니다.

장부와 증빙서류는 폐업한 뒤에도 5년 동안 보관합니다. 세무조사 때 장부가 없으면 수입과 경비를 추정해서 세금을 매기는 추계과세를 받을 수 있습니다.

이 글은 2026년 10월 기준 세법을 바탕으로 한 일반적인 안내입니다. 양수도 방식과 계약 내용, 과세 진료 여부에 따라 신고 내용이 달라질 수 있으니 구체적인 사안은 상담을 통해 확인해 주세요.