병의원 부가세, 미용 시술만 과세됩니다
병의원 부가세 면세·과세 기준과 함께 쓰는 비용의 안분

같은 피부과에서 같은 날 진료를 받아도, 건강보험이 적용되는 피부 질환 진료비에는 부가세가 없고 보험이 적용되지 않는 여드름 치료술에는 10%가 붙습니다. 간판의 진료과는 같아도 병의원 부가세는 어떤 시술을 무슨 목적으로 했느냐가 정합니다. 미용 시술을 이미 함께 하고 있거나 들일 계획이라면, 그 시술이 과세인지, 과세 진료가 생기면 사업자등록과 인테리어·장비 부가세 공제가 어떻게 달라지는지처럼 헷갈리기 쉬운 부분을 이 글에서 진료과별로 확인하실 수 있습니다.

병의원 부가세는 진료과가 아니라 시술과 목적에 따라 면세와 과세로 나뉩니다

부가가치세법은 의료보건용역(의사·치과의사·한의사의 진료)을 면세로 둡니다. 과세되는 예외는 시행령 제35조 제1호 가목·나목에 따로 적혀 있습니다. 그런데 이 예외 목록에는 "성형외과"나 "피부과" 같은 진료과 이름이 한 번도 나오지 않습니다. 쌍꺼풀수술, 여드름 치료술, 치아미백처럼 시술 이름만 나열되어 있습니다.

과세가 되려면 두 조건을 함께 충족해야 합니다. 건강보험이 적용되지 않는 비급여 진료여야 하고, 그 진료가 가목·나목이 정한 시술에 해당해야 합니다. 그래서 "비급여면 과세"라는 공식은 성립하지 않습니다. 비급여 진료라도 가목·나목의 어느 시술에도 해당하지 않으면 면세로 남습니다.

과세 여부는 시술 방식이 아니라 목적과 결과로 판단합니다. 국세청은 필러로 코를 높이는 시술이 미용 목적의 성형수술에 해당하면 칼을 대지 않았더라도 과세된다고 해석했습니다(법규과-498, 2014. 5. 19.). 판단하기 어려운 것은 부러진 콧대를 바로잡으면서 높이까지 손보는 수술처럼 치료와 미용이 섞인 경우입니다. 이런 시술은 들이기 전에 과세 여부부터 확인해 두셔야 나중에 신고를 고치는 일이 없습니다.

피부과·성형외과·치과·안과·한의원, 진료과별 과세 시술과 면세 예외

아래 표는 시행령의 과세 목록과 건강보험 비급여 범위를 진료과별로 나눠 본 것입니다. '과세되는 시술 (미용 목적)' 칸에 적은 것도 건강보험이 적용되지 않는 비급여 진료일 때만 과세됩니다.

라식·라섹과 한의사가 처방한 한약(첩약)은 건강보험이 적용되지 않지만 시행령의 과세 목록에는 없습니다. 비급여와 과세가 서로 다른 기준이라는 점을 가장 잘 보여주는 예입니다. 면세 조문에 한의사도 이름이 올라 있으니, 한의원도 의원과 똑같이 미용 목적 시술이 목록의 어느 항목에 해당하는지로 과세를 판단합니다.

시행령 조문에 이름이 직접 나오지 않는 항목도 표에 있습니다. 안과의 눈매교정·앞트임·뒤트임도 과세 대상입니다. 2014년 기획재정부와 국세청이 배포한 미용·성형 의료용역 과세 지침이 이 시술들을 쌍꺼풀수술과 같은 눈 성형으로 묶었습니다. 한의원은 침을 놓는 시술이라도 주름 제거나 유방 확대처럼 목록의 미용 시술에 해당하면 과세되고, 주름 제거 목적의 보톡스·필러와 실 리프팅도 항노화치료술에 해당해 과세됩니다.

반대로 윗눈꺼풀 수술(상안검성형술)은 시야를 넓히는 등 기능을 고치려는 목적이면 과세 대상이 아닙니다. 그러니 눈 성형처럼 목적이 둘로 읽힐 수 있는 시술은 진료기록에 목적을 분명히 남겨 두는 편이 안전합니다. 기록이 없으면 과세관청과 판단이 엇갈렸을 때 치료 목적이었다는 근거를 내놓기 어렵습니다.

누가 시술하는지도 따져 봐야 합니다. 의료인이 아닌 피부관리사가 하는 일반적인 피부관리는 의료보건용역이 아니라며 법원이 과세 처분을 유지한 사례가 있습니다.

과세 시술을 시작하면 바뀌는 것 — 사업자등록, 신고, 수납 관리

면세사업자로만 등록된 의원에 과세 시술이 하나 생기면, 사업자등록부터 겸업사업자(과세와 면세 사업을 함께 하는 사업자)로 정정해야 합니다. 개원할 때의 사업자등록 기한과 사전등록은 병의원 개원 세무 칼럼에서 다뤘으니 여기서는 운영 중에 진료 구성이 바뀌는 경우만 봅니다.

정정을 미루면 두 가지 불이익이 겹칠 수 있습니다. 정정하기 전에 산 장비나 공사비의 매입세액을 공제받지 못할 수 있고, 과세 매출에는 공급가액의 1% 미등록가산세가 붙을 수 있습니다.

신고도 둘로 나뉩니다. 과세 매출은 1월·7월 25일까지 부가가치세 확정신고에 담습니다(개인 일반과세자 기준). 그 사이 4월·10월에는 직전 과세기간에 낸 부가세가 있으면 그 절반을 고지서대로 냅니다(예정고지). 면세 매출은 지금처럼 다음 해 2월 10일까지 사업장현황신고를 합니다.

여기서 흔히 생기는 문제가 수납입니다. 카드·현금 수납을 과세·면세로 나누지 않고 한데 받으면, 진료기록부의 시술명과 수납 내역이 맞지 않아 두 신고의 매출이 어긋나고 면세수입이 빠지기 쉽습니다.

• 과세 시술 도입 전새 시술이 시행령 과세 목록에 해당하는지, 치료·미용 목적이 섞이지는 않는지 확인
• 과세 시술 시작 무렵사업자등록을 겸업사업자로 정정하고, 정정 이후 매입분의 세금계산서 받기
• 시작한 달부터진료기록의 시술명과 수납 내역을 과세·면세로 나눠 기록
• 신고 때마다부가세 신고의 과세 매출과 사업장현황신고의 면세 매출이 실제 수납 합계와 맞는지 대조

함께 쓰는 비용의 부가세는 과세 매출 비율로 나눕니다

겸업을 시작하면 매입세액(물건이나 용역을 살 때 낸 부가세)을 어디에 쓴 것인지부터 가려야 합니다. 미용 시술에만 쓰는 장비와 약품, 미용 시술만 알리는 광고비는 과세 사업에 쓴 것이 분명하니 전액 공제됩니다. 일반 진료에만 쓰는 장비나 약품, 소모품의 매입세액은 처음부터 공제 대상이 아닙니다.

임차료와 관리비, 대기실·진료실처럼 함께 쓰는 공간의 인테리어는 어느 쪽에 쓴 것인지 가를 수 없습니다. 이런 매입세액만 매출 비율로 나누는데, 이를 공통매입세액 안분계산이라고 합니다.

나누는 방법은 시행령 제81조에 있습니다.

• 면세 진료 몫 = 공통매입세액 × (면세공급가액 ÷ 과세·면세를 합친 공급가액)
• 공제받는 몫 = 공통매입세액 − 면세 진료 몫

그 과세기간에 매출이 없어 이 비율을 쓸 수 없다면 총매입가액 비율, 예정공급가액 비율, 예정사용면적 비율 순서로 대신합니다. 예정신고를 하는 경우에는 그 3개월의 비율로 먼저 나누고 확정신고 때 6개월 전체의 비율로 다시 맞춥니다. 개인 의원은 대개 예정신고 대신 예정고지를 받으므로 확정신고 때 6개월 비율로 한 번에 계산합니다.

부가세 1,000만 원이 포함된 인테리어 공사비 1억 1,000만 원을 들인 의원이 있다고 해 보겠습니다. 한 해 매출 10억 원 가운데 미용 시술 같은 과세 매출이 7억 원, 일반 진료 매출이 3억 원입니다. 과세 매출이 70%이니 700만 원을 공제받습니다. 나머지 300만 원은 돌려받지 못하지만 종합소득세를 계산할 때 경비로 들어갑니다.

비율 계산을 건너뛸 수 있는 경우도 있습니다. 그 과세기간의 공통매입세액이 5만 원 미만이면 전액 공제받습니다. 면세공급가액 비율이 5% 미만일 때도 생략할 수 있지만 공통매입세액이 500만 원 이상이면 이 예외가 적용되지 않습니다. 그러니 면세 비율이 낮더라도 큰 공사나 장비를 산 과세기간에는 비율대로 나눠야 합니다.

미용 비중이 바뀐 해에는 다시 계산하고, 틀리면 가산세가 붙습니다

의료장비와 인테리어처럼 여러 해 쓰는 자산은 산 해에 한 번 나눴다고 끝나지 않습니다. 취득할 때 적용한 면세공급가액 비율과 이후 어느 과세기간의 비율이 5%포인트 이상 벌어지면, 그 과세기간에 공제액을 다시 계산해 납부세액이나 환급세액에 더하거나 뺍니다. 미용 시술을 늘리거나 줄인 해라면 신고 전에 비율 차이부터 살펴볼 필요가 있습니다.

안분을 빠뜨리거나 사업자등록 정정·면세수입 신고를 놓치면 아래 불이익이 생길 수 있습니다.

면세수입이 같은 업종 평균과 크게 차이 나면 신고내용 확인이나 세무검증 대상으로 선정될 수 있습니다. 이런 확인 요청은 가산세보다 대응 부담이 클 수 있으니, 수납 단계부터 과세·면세를 나눠 두는 것이 현실적인 대비입니다.

이 글은 2026년 10월 기준 세법을 바탕으로 한 일반적인 안내입니다. 시술의 과세 여부는 실제 목적과 진료 내용에 따라 달라질 수 있으니, 구체적인 사안은 상담을 통해 확인해 주세요.